胰腺癌干细胞差异microRNAs的表达及生物信息学
【出 处】:
【作 者】:
【摘 要】目的: 筛选与胰腺癌干细胞相关的差异表达miRNAs, 并进行生物信息学分析. 方法: 以MIA-PaCa2(TIChigh)与BxPc-3(TIClow)为研究胰腺癌干细胞的工具细胞制备总RNA, 经质量鉴定后进行荧光标记; 采用Agilent人类miRNA芯片进行杂交实验, 获得miRNA表达谱; 以Gene Spring Software 11.0软件和Quantile算法分析芯片实验数据, 筛选与胰腺癌干细胞相关的差异miRNAs; 荧光定量PCR验证部分差异表达miRNAs; 基于Sanger数据库预测差异miRNA靶基因, 基于Gene Ontology数据库进行GO注释, 基于KEGG数据库进行Pathway注释. 结果: 获得符合基因芯片实验质量标准的RNA样品, 基因芯片杂交及数据分析共鉴定到940个miRNAs, 得到91个差异表达miRNAs(P〈0.05, fold change〉=2), 其中MIA-PaCa2(TIChigh)中下调表达45个, 上调表达46个. 荧光定量PCR验证21条差异miRNAs, 其中19条均与芯片结果相符. TargetScan 6.0数据库靶基因预测共得到2 895条靶基因, GO注释显示他们主要涉及轴突导向、血管生成、转录后蛋白修饰等功能. Pathway注释显示主要涉及癌症途径、细胞-基质黏附途径、Hedgehog 信号途径、MAPK信号途径等信号通路. 结论: 筛选出的胰腺癌干细胞相关差异表达miRNAs调控多种具有不同细胞功能和参与不同信号通路的基因, 有可能成为胰腺癌新的治疗靶点.
相关热词搜索: 胰腺癌 干细胞 microRNA 生物学信息
上一篇:miR495、miR551a靶向干扰SGC7901细胞PRL-3基因的表达
下一篇:肝内胆管结石合并胆道感染的细菌谱